Dans l'auberge tenue par ses parents, Malcolm, onze ans, voit passer de nombreux visiteurs. Certains sont étrangement intéressés par un bébé, Lyra, et son dæmon Pantalaimon, gardés par les nonnes du prieuré voisin. Qui est-elle? Quels secrets, quelles menaces entourent son existence? Pour la sauver, Malcolm et Alice, sa compagne d'équipée, s'enfuient avec elle. Dans une nature déchaînée, le trio embarque à bord du canoe de Malcolm, La Belle Sauvage.