Après avoir subi un grand nombre d'examens médicaux et autres tests cognitifs, Tetsuo parvient à s'enfuir de l'hôpital. Il a entre-temps entendu parler d'un certain Akira dont il lui tarde de faire la connaissance. De leur côté, Kaneda et Kei essaient de s'échapper du complexe militaire où ils ont été faits prisonniers. Mais un groupe clandestin de guérilla tente alors de mettre à jour les secrets détenus par l'armée...