Tokyo Alien Bros raconte les péripéties de deux extraterrestres envoyés sur Terre afin de déterminer si leur race pourrait s'y installer. Prenant la forme de deux étudiants baptisés Fuyunosuke et Natsutarô, ils posent un regard candide sur leur quotidien et tentent de dialoguer avec les autochtones avec un talent aussi fortuit que certain pour faire naître les quiproquos.